Năm đầu Tự Đức, Đông Các đại học sĩ là Vũ Xuân Cẩn xin truy lục cho Nguyễn Văn Thành, Lê Văn Duyệt và Lê Chất:[18]

Sách Chu Lễ, có 8 điều nghị để rộng tha người có tội, sách Tả truyện có câu tha tội đến 10 đời để đãi người có công đều là đạo trung hậu thường thiện lâu dài mà bạc ác thì ngắn vậy. Nhà nước ta lúc trung hưng các thần giúp nước huân liệt rất rõ, đều được tập tước lâu đời, bày thờ các đền miếu, còn các người có công lao một tấc điều thiện nhỏ cũng đều sống đeo vinh danh, chết mang biểu hiệu, điển lệ báo công rất là hậu hĩ. Trong ấy có lũ Nguyễn Văn Thành, Lê Văn Duyệt, Lê Chất, đều là gặp hội gió mây theo đòi tên đạn, thân làm Đại tướng, tước đến Quận công, khoảng năm Gia Long, Thành vì không biết dạy con tức giận tự tử, về sau con cháu lại nhận giặc hàm, phải án theo ngụy rồi bị giết cả. Duyệt và Chất đều sau khi chết phát ra trọng án đã truy thu quan tước, xử án phải tội lây. Chấp án đã thành, thì tội không chối được. Xét nguyên nhân phải tội thì tình cũng đáng thương, bởi vì đương lúc rậm rối, lũ ấy đều cầm dao đeo mộc dậy tự hàng binh, chỉ biết chiến đấu cho khỏe, để cầu công thước tấc, không biết học đạo khiêm cung để làm kế báo thân. Đến lúc công cao thì cậy công, thân quý thì kiêu, thẳng tình làm ngay, không tránh hình tích, cho nên bị dèm mang lỗi, đều bởi bất học mà lầm lỗi, những quan võ đời xưa, bị mắc bệnh ấy thường thường đều thế. Tôi xem sử đời trước công thần đời Đường Thái Tông như lũ Trưởng Tôn Vô Kỵ, Lý Thế Tích, công thần đời Lê Thái Tổ như lũ Trần Nguyên Hãn, Lê Sát, Lê Ngân, hoặc nhân con cháu bất tiếu hoặc mình bị trọng án, trước dẫu phải tội gần đến mất giống sau cũng lần lượt hoặc được phục lại quan tước hoặc bổ dùng con cháu. Lúc trước làm tội là để nghiêm phép nước, lúc sau bổ dùng là để tỏ đặc ân, cộng qua bù nhau, ân pháp đều có, hai điều ấy chưa từng trái nhau, nay công và tội lũ Thành so với lũ Lý Thế Tích, Trần Nguyên Hãn cũng là giống nhau. Nếu vì có tội không xét đến công thì những người trăm trận gian nan, nên hồn linh lạc làm đom đóm ma trơi, đều là ma không ai thờ cúng như họ Mạc Ngao những tình hình ấy tưởng lòng thánh cũng bất nhẫn. Vả lại những khoản lũ ấy bị can thành án còn đấy đã đăng lên quốc sử làm tin, nếu được ơn mở sách ra xem thì thủy chung tâm tích hành trạng một đời của lũ ấy rõ ràng minh bạch, tôi cũng không dám biện bạch nhiều. Cúi mong đặc cách gia ơn sức xuống tra hỏi những dòng dõi ấy hiện còn, đứa nào có thể thu khiển được thì cho chức hàm nho nhỏ cho được nhờ chút lộc nước, nếu đứa nào không tài năng gì cũng cho miễn binh đao chung thân để chủ việc thờ cúng, để tỏ đạo trung hậu[2].

Tự Đức bèn cho cháu của Chất là Lê Luận làm chức Cai đội. Năm sau (1849), lại có Tạ Quang Cự xin rửa sạch tội cho Lê Chất. Vua Dực Tông có dụ rằng[2]

Lê Chất trước theo Tây Sơn làm nguỵ chức, đến lúc thế cùng mới quy phục thì tâm tích không hỏi cũng biết, sau này dẫu có chiến công cũng chả ngoài chức trách tỳ tướng, coi ngang với Nguyễn Văn Thành, Lê Văn Duyệt trước sau theo vua không thể cùng ngày nói được. Con cháu nó đã dự thu dùng cũng đủ yên lòng người có công, không nên cùng Thành, Duyệt lạm dự ân điển, để răn kẻ làm tôi hai chúa. Duy cái bia đá ở mả, cho con cháu tự sửa, không câu nệ làm gì.

Cho nên, Lê Chất không được xá tội như 2 người kia, chỉ cho phép con cháu đem tấm biển Gian thần Lê Chất phục pháp xứ ra chỗ khác, và sửa sang lại phần mộ. Mãi đến năm 1868, ông mới được truy phong làm Tả đồn đô thống chế[19][20].